硝化菌，對於新手及經驗不足來說，又愛又陌生，但對玩家來說，卻是決定能否養好一缸好魚的關鍵，無論，淡水或海水魚缸，都不能沒有牠。
我們可常聽到許多新手無奈說著：「昨天才買的魚，今天早上，還好好的，怎下班後，就死了？再過一、兩天後，全軍覆沒？」，甚至，有些新手或經驗不足的與有會懷疑「自己是否沒有養魚的天份呢？」事實上，並非沒有天賦，只是方法與觀念錯誤罷了！只要獲取資料方向正確、多自我充實、不隨意聽信誇張或誤導商業文，要建立硝化菌系統並不困難，有了完整、穩固的硝化菌系統後，養什麼魚都不困難，要養好魚，更是駕輕就手。
今（2015）年觀賞魚博覽會期間，在會場中，許多參展廠商不斷叫賣：「只要買硝化菌粉，及水質穩定劑，回家後，就可以立即養魚...」，這句看似簡單且有理的話，卻暗藏許多導致魚兒致命的危險玄機。
無論魚缸、養殖槽、魚池...等，整個水體中，不是只有硝化菌而已，還包括其他益菌群，硝化菌只是菌群中的一部份，而硝化菌，並非是某一種益菌，它是一種統稱，整個硝化菌的屬種分類，共有9個屬，包括：亞硝酸菌有5屬以及硝酸菌有4屬。硝化菌最大的功效在於，將魚大便、飼料殘餌...等廢物（蛋白質、有機物...等），進一步分解成為無害，其分解過程，為：有機廢物→氨氮→亞硝酸→硝酸鹽→氮氣，其分解作用（通稱：硝化作用），則為：氨氮→亞硝酸→硝酸鹽，其中，因排泄物、飼料殘餌、有機廢物自然產生的氨氮、亞硝酸、硝酸鹽...等，這些物質，都直接危害魚隻生命，攸關魚兒存活，因此，簡單來說，硝化菌主要功效，就是分解、降低有毒物質對魚隻的危害。
獲得硝化菌的分式與管道相當多，魚有可自行培養，但添加硝化菌粉、液，是一種最方便、快速的方式，因此，造成許多新手、經驗不足魚友錯誤認知，只要添加硝化菌粉、液，魚缸中自然就會有硝化菌存在，其實，這是錯誤的見解！
以硝化菌種類來分，分為：休眠菌及活菌二種，大多市售的硝化菌液，多屬活菌，而粉末狀，則為休眠菌，需要數小時～數天時間，慢慢紓醒，活菌與休眠菌的差異，主要在於菌群立即作用時間的快慢，添加活菌類的硝化菌液，可在很短的時間內，可立即硝化作用分解，而粉末狀硝化菌，則需要較長時間「紓醒」後，讓水體中的菌體量達到一定數量後，才會硝化分解功效。
而市售的硝化菌相關商品品質優劣，主要在於菌數量的多寡，相同份量的粉或液，卻有數量不同菌體存在，而魚友較為常見的：「ｘｘｘ活化菌液」，就是指其總含菌量數的多寡，有的號稱數十億菌數含量，甚至，有的標榜超過百億以上總菌數含量，代表著，硝化菌粉、液品質差異。因此，別以為，只要添加硝化菌粉、液，魚缸中馬上就有硝化菌存在，特別是透過硝化菌粉類「養菌」，需要數小時～數日後時間，讓呈現休眠狀態的硝化菌「紓醒」後，才會發揮功效，這也是為何玩家常說：培菌，無法一踀即成，需要時間耐心等待。
當魚缸中硝化菌開始繁衍時，最重要就是「食物」與「環境」，這兩個關鍵條件，決定未來菌數多寡。而硝化菌所需的「食物」，係指：魚隻排泄物、飼料殘餌及其他有機物質，這些「殘物」腐爛後，會產生氨...等有毒物質，這對魚隻來說，是致命的有毒物質，但對硝化菌來說，卻是必要「食物」，氨，經由亞硝酸菌（又稱氨氧化菌）分解為NO2，NO2再經由經由硝酸菌（又稱硝化細菌），轉變毒素更低的NO3，一部分的NO3可被植物吸收，一部分則揮發到空氣中。
硝化菌，無法「自在」活動，必須仰賴水「移動位置」及「帶入食物」，因此，提供硝化菌適合安定的「居住場所」，方能讓硝化菌群「傳宗接代」、「生生不息」，而最適合成為硝化菌居住場所的濾材，包括：海棉、陶瓷環、生化球、菜瓜布、發泡煉石、珊瑚砂...等，街為常見以培菌為主的濾材。
事實上，硝化菌是相當脆弱，會受到水溫、酸鹼值、硬度、有機物質含量、藥劑...等因素，影響、決定其「存活率」、「繁衍速度」...等，其中，藥劑或添加劑，對硝化菌的「殺傷力」最大且直接。因此，許多資深玩家，在非必要下，絕對不會隨意投入任何藥劑或添加劑，否則，辛苦建立的硝化菌系統，恐怕被藥劑或添加劑，摧毀殆盡。
想要獲得足夠的硝化菌，其方式、管道...等相當多，亦可自行培養，魚友，可依照個人飼養方式、環境、習慣及經濟能力...等，自行選擇。最重要的是，要多自我充實養魚的常識與技術，切勿聽信少數不肖廠商誇大的「商業文」誤導，否則，花費大把銀兩，又得不到效果，甚至，讓魚隻處於高危險性環境下，提高傷亡機會。真的是「賠了夫人又折兵」。
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